本所奠基於輔導與諮商研究所和復健諮商研究所的基礎上，在原兩所歷任所長、全體教師及學生的努力下，已經營出各自的特色；今整併後必能發揮一加一大於二的功能，本所將更具規模、發展獨特性與整體性的特色。

(一) 鼓勵實務與研究結合，強化專業知能：本所於每學期皆辦理各類學術演講及工作坊，每年自行出版學報或承辦編印專業期刊，提供師生學術研究與實務研究，以及發表研究成果的園地，進而引領南台灣諮商專業的成長。此外，本所也要求學生於畢業前，須在學術研討會或專業期刊發表論文（碩士班至少一篇、博士班至少三篇），強化其學術研究能力。

(二) 強調國際性的學術交流：本所每年度積極透過教育部、國科會及學校卓越計劃之申請，邀請國外學者至本所進行專業訓練或講座。本所也持續與國際或大陸學術團體保持交流，拓展師生參訪及修習國際名校課程之機會，使本所師生具有開闊的世界觀。另外，也要求博士班學生在學期間必須出國進修，以充實專業知能，領略不同的學習經驗，並拓展國際視野。