本系之前身「高雄師範大學特殊教育中心」係成立於1978年，於1992年由當時的特殊教育中心主任林寶山教授籌創特殊教育系大學部，創立之初，學系的各項規模在創系始皆已初具。本系繼於1994年設置碩士班，民國1998年增設博士班，為配合教育部政策，特殊教育碩、博士班與特殊教育學系合併成為特殊教育學系，而成為一個完整的特殊教育師資培育機構。1994年蔡典謨教授繼任系主任，其後之系主任分別為陳長益教授、曾進興教授、陳小娟教授、黃桂君教授 、李永昌教授及王瓊珠教授、林素貞教授，108學年度蔡明富教授榮任系主任。

為因應特殊教育師資的迫切需求及師資培育多元化管道的實施，本系於1999年及2003年間進一步開辦暑期教學學士後學分班及高職特殊教育學分班；89學年度創辦「特殊教育遠距教學」課程，提供全國教育相關人員選修；並於90學年度辦理「特殊教育行政碩士班」，以提供中小學教師在職進修之機會。為達到系所轉型與多元發展之目標，本系碩士班溝通障礙組於90學年度分支成立溝通障礙教育研究所；接著於93學年度通過教育部核准，成立復健諮商研究所。102學年度本系與聽力學與語言治療研究所整併，成為一系多班的學系。

此外，為提昇本系研究所學術風氣，自93學年度起碩、博士班開設「特殊教育發展與趨勢專題研究」，促進師生學術交流與討論及瞭解國內外特殊教育發展趨勢。多年來本系為推展研究工作局提昇學術風氣，每年定期辦理學術研討會及專題演講。為因應社會環境和就業市場的變化，導引並鼓勵大學部同學選修專門科目及雙主修。於民國95學年度增設特殊教育輔系課程，設有身心障礙組及資賦優異兩組以供本校各系學生選讀。