本系課程設計以「有機化學」、「分析化學」、「物理化學」及「無機化學」四大領域為主軸，理論與實務課程並重，並佐以學生專題研究能力之訓練，使其具備多元競爭能力，增加就業機會。

本系課程規劃藉由學生學習成效以反應教育目標，經由各課程之修業門檻，做為學生基本能力指標檢核機制。基此，訂定化學專業、獨立研究、實驗統合、科學表達、團隊合作及品德倫理等六大核心能力。

本系大學部自民國94年8月起實施師培分流制度，師資培育生從大二開始依其大一上學期成績及其意願核定20名師資生，畢業總學分數至少154學分；非師資生畢業總學分數至少128學分，碩士生畢業總學分數至少24學分（含論文）。