因應大環境變遷，新舊價值交替變化的時代，一方面要保持原有的優良傳統，一方面面對二十一世紀嶄新的局面，特制訂中長程發展目標與方向，在既有基礎上，力求轉型與發展。本系配合政府產業政策與符合地方需求，培養優秀化學專業人才。南部科學園區主要目標產業為電子、光電及生物科技等最具發展潛力項目，這些行業都需要化學人才參與。本系以「材料化學」和「藥物化學」兩大主軸強化本系教學研究，老師的研究包含特用化學品之開發、無機材料之開發、奈米材料的製備、生物無機應用、藥物及生物分子分析、抗癌藥物合成、中草藥萃取與鑑定等領域。除了傳授堅實之基礎化學知識，結合嚴謹之實驗訓練，並參與專題研究，以培養研究能力及解決問題的能力。