本所未來發展重點與方向主要有五：

一、健全經學研究體系：本所在獲得一定教學成果，經過審慎的學術評鑑後，設立碩士在職專班，開拓更寬廣的進修管道外。並將申請成立博士班，以培養更專業的經學研究人才，進一步提昇經學的研究水準。

二、創造經學研究趨向：本所為國內外第一個經學研究所，近期除可躋身為南部經學研究重鎮外，就長期言，更希望立足臺灣，放眼世界，與國內外經學相關研究單位與學者，切磋交流，共同創造經學研究新的趨向。

三、建立經學資料中心：由於南部地區素來缺乏大型資料中心，以致研究者往往舟車勞頓往來於南北之途，為解決長期以來研究資源的不足，本所未來擬積極充實經典相關圖書資料，以提供研究者之所需。

四、擴大社會影響層面：今日社會風氣和國民素質，已有日趨澆薄與低俗之勢，欲予以導正與提昇，則發揚傳統優良的經典精神，實乃較為有效的方式之一。本所因而擬於未來成立經典教育中心，從事經典推廣教育工作，如開辦各種經典研習班、兒童或青少年經典夏令營等等，藉以培養社會各階層閱讀經典興趣，進而陶鑄人格變化氣質。

五、加強人格精神教育：經學研究所不僅著重專業人才的培養，更重視人品的提昇。因此，研究生除宜有全方位多元的學習外，本所亦特別注重其精神的陶冶，希望藉由經典的薰習，以養成其健全人格。